Fundado em 1727 por alvará de D. João V, o convento de Santo António de Pinhel começou a ser construído a 16 de Dezembro de 1731, dia em que Francisco Fagundo Lopes, Arcediago de Vila Nova de Cerveira, lançou a primeira pedra. A vida deste convento não seria muito longa, uma vez que, cerca de um século mais tarde a Lei de Extinção das Ordens Religiosas ditou o seu encerramento.

Foi depois adquirido por António Sequeira de Seixas, que doou a igreja à Santa Casa da Misericórdia de Pinhel. Já no início do século XX, todo o conjunto foi objeto de um violento incêndio, que destruiu grande parte das dependências conventuais. Estas, viriam a ser intervencionadas tal como a igreja, a partir de 1983, num projeto de recuperação assinado pelo arquiteto José Duarte Madeira.